No ano de 1975 o imóvel fora cedido pela família Palmela para instalação provisória de desalojados das ex-colónias, que ainda aí permaneciam à data da escritura. Este foi o primeiro problema a resolver a fim de se poder dar início às obras.
Decorreram estas, depois e durante mais de dois anos, sob a fiscalização e orientação do Gabinete de Obras do Ministério da Justiça, autorizadas, sucessivamente, pelos ministros José Dias dos Santos Pais, Eduardo Henriques da Silva Correia, Pedo de Lemos e Sousa Macedo, Mário Ferreira Bastos Raposo e José Manuel Menéres Pimentel.
Sobre a reconstrução e restauro do Palácio Palmela, é do conselheiro Procurador-Geral da República Dr. Eduardo Augusto Arala Chaves a subsequente narrativa, que faz história e fica para a história, como testemunho fiel e pungente de quem esteve à frente dos destinos do Ministério Público em época difícil e exaltante e deixou na instituição o traço inconfundível da sua personalidade de eminente jurista e homem de Estado.
«As obras de restauro começaram sob a direcção e fiscalização dos serviços do Ministério da Justiça e prolongaram-se por mais de dois anos.
Não se mostrou idónea a primeira firma adjudicatária da construção civil, tendo sido difícil encontrar disponibilidade de pessoal do Instituto José de Figueiredo para, com a urgência que parecia requerida, acudir à capela, nomeadamente à tela descolada que pendia da abóbada, sob risco de se rasgar.
Em bom ritmo e com tranquilidade geral, poderá dizer-se que apenas se executaram os restauros de estuques de arte, confiados à firma Domingos Enes Baganha, do Porto, e os restauros de pinturas de arte, confiados à Fundação Ricardo do Espírito Santo Silva, sob a vigilância e conselho do Prof. Arquitecto Frederico George.
Com inquietações e desvelos, com o empenhamento decidido de alguns e, finalmente, quando lhe foi possível, com a colaboração inestimável do Instituto José de Figueiredo para a recuperação da capela, tudo se foi vencendo paulatinamente.
Ao findar o 1.° trimestre de 1981, o Palácio Palmela constituía um deleite para os olhos mais ávidos do belo, sem nenhuma ofensa às suas anteriores estruturas e belezas. Os mais receosos interrogavam-se apenas sobre se a parte de construção civil não viria a revelar defeitos não aparentes e se os dois pisos superiores não viriam a acusar sequelas das suas antiquadas estruturas.
Havia que fazer um teste da obra realizada, colhendo o testemunho de quem conhecera o Palácio na sua maior grandeza.
Convidou-se a família Palmela a efectuar uma visita, que Manuel de Souza Holstein Beck efectivamente fez.
Em carta datada de 6 de Abril de 1981 exarou as seguintes passagens:
“Fui há dias visitar o Palácio do Rato, onde tantos anos vivi com os meus pais. Não tenho palavras que possam exprimir quanto apreciei a maneira extraordinária como tudo está restaurado, igual ao que sempre foi.
A beleza realçou de novo, de umas paredes que sempre nos falaram; ali aprendemos o que foi o liberalismo, pois, como V. sabe, descendemos de um grande liberal que serviu sempre o seu país e nos legou esse amor desinteressado à Pátria. No ex-líbris de meu pai, que junto remeto, pode V. verificar que o seu lema é «Servire».
A parte interior do Palácio está, de facto, um assombro e a fachada perfeita. Creia que o prazer que senti em tudo o que percorri só me deu alegria por verificar quanto vai ser apreciado e bem conservada por quem vai tomar o lugar da nossa família”.
Manuel Palmela teve ainda a magnífica deferência de oferecer para a decoração do Palácio algumas litogravuras, cópia de um quadro e outros objectos intimamente relacionados com a sua vivência e que nele se encontram.
Dir-se-ia ter sido operada uma passagem tranquila e honrosa do testemunho.
Correu o referido mês de Abril no empenhado esforço de transferência dos serviços da Procuradoria-Geral da República das instalações da Praça do Comércio para o Palácio Palmela.
Não era fácil esse esforço, nomeadamente por importar a deslocação cuidada de um pesado arquivo e de muitos milhares de volumes da sua preciosa biblioteca.
Mas tudo se processou a contento, compensadas as canseiras, de sobejo, com a alegria de ocupar instalações tão belas.
Programada a inauguração, com o luzimento possível, ultimava-se o programa e davam-se os últimos retoques no edifício.